Mata kuliah Ekologi Perairan membahas mengenai proses ekologis dalam lingkungan perairan, seperti aliran energi, daur materi,faktor pembatas perairan; struktur organisasi organisme perairan (populasi dankomunitas); ekosistem perairan yang meliputi tawar, estuari dan laut, perubahandan suksesi ekosistem, pencemaran dan keanekaragaman hayati